El SetCPU lo podrás usar independientemente de la rom que tengas, eso si, como eres root ya lo podrás hacer.
Otra cosa es el kernel. Si llevas el de origen poco provecho sacarás al SetCPU, ya que no podrás bajar voltajes (algo imprescindible si quieres aumentar tu autonomía) y poco podrás jugar con los governors, que vendrán 4 (creo) por defecto.
Lo suyo, ya que eres root, es que instales un custom kernel, para sacarle partido al SetCPU: Podrás hacer Undervolting (ojito de pasarte), Overclock (cuidado con esto), crear perfiles y demás.
Si quieres investigar más en lugar del SetCPU, ponte el Voltage Control, con más configuraciones y características, aparte de no quedar en 2º plano y por lo tanto, no consume tanto como el SetCPU.
Ah, por cierto, si quieres poner el Phenomenal en ICS ponte la versión v.5, si no tendrás un magnifico semi-brick en tu terminal.
Más cosas, si instalas el Phenomenal v.5.3, no te recomiendo que pongas ningún tipo de estas aplicaciones, ya que viene con Undervolting y no hace falta jugar con los voltajes.
Pero si te gusta trastear, ponte el Siyah y con este si podrás hacerlo.
Te recomiendo que leas, y que uses el buscador, porque hay muuucha información de esto.
