Depende de que aplicaciones eliminaste.
Existen algunas aplicaciones del sistema que es seguro eliminarlas pero hay algunas que no es seguro eliminarlas porque te puede traer problemas.
Que eliminaste?
Si vas a eliminar aplicaiones es mejor usar la app
root uninstaler o alguna similar.
Si eliminaste alguna de las que no es seguro eliminar entonces lo mejor es flashear una rom genérica.