Te recomiendo lo siguiente ya que estuve bastante tiempo mirando como hacer esto y no encontraba como.
El proxy que se puede configurar en Android efectivamente es solo para el navegador, pero el resto de las aplicaciones (como el market) no te funcionaran.
Para que todo funcione necesitaras:
-Ser Root
-Bajar e instalar el ultimo busybox (dentro de programa)
-Bajar e instalar Iptables (dentro del programa)
-Bajar y configurar ProxyDroid
Con todo esto que es gratuito, podras tener conexion proxy en todas tus aplicaciones
