A modo comentario en el Xperia Arc S de SE me pasa lo mismo. Aunque yo he probado a realizar el backup y luego a restaurarlo y todo me lo hace correctamente. Como dicen a mi me ha pasado despues de pasar a ICS pero debo de ser 1 entre 1000 y eso que no hice nada extraño.
He intentado realizar la partición mediante Rommanager y el Recovery a la SD pero me seguía dando el mismo error.
Al final como el proceso como comenté de realizar y restaurar backup me lo hace correctamente a pesar de ese error pasé un poco del tema. Pero no deja de molestarme cada vez que lo veo. Así que probaré a realizar las particiones con el Minitoolpartition con el portatil en cuanto tenga un pongo de tiempo.