El orden de las particiones es fijo. El orden correcto seria el siguiente
partición 1 tipo de sistema de archivos fat32 punto de montaje en el telefono /sdcard es la partición de datos del telefono
partición 2 tipo de sistema de archivos ext2 o ext3 o ext4 punto de montaje en el telefono /system/sd es la partición donde van las aplicaciones el tipo dependera de vuestra rom, ext4 solo funcioniona en cyanogenmod.
partición 3 tipo de sistema de archivos swap este tipo permite añadir el espacio en disco de la partición a la memoria ram del dispositivo, solo esta confirmado que se puede usar en rom jackhero y cyanogenmod.
Editado: Gracias crebaindamme por la corrección y perdon al que le haya liado por no explicar las cosas bien.