En principio,la carpeta que mas deberia preocuparte es la de LOST.DIR
a "grosso modo" esa carpeta aloja archivos residuales, que se pueden producir, por errores al conectar y desconectar la desi al pc, por el mal montaje de la sd...ficheros corruptos de datos o app...etc..
en fin...debes procurar tener esa carpeta siempre vacia... borra su contenido cuando lo tenga, no elimines la carpeta...
respecto al cambio de imei....no debes preocuparte...
solo podria cambiar,si te cambiasen la placa....al menos en la desi...
quizas haya alguna manera de cambiarlo....pero vamos....que ninguna carpeta o proceso..te lo va a cambiar solo...
saludos...