el flashtool te crea una carpeta de inicio en windows, dentro de las aplicaciones, llamada flashtool y tiene 2 ejecutables uno de 32 y otro de 64, que serán los mismos que los ejecutables del directorio donde se instala, te recomiendo meterlo en la raiz del disco C, que se quede instalado en C:\flashtool, y después ejecutalo como cualquier programa desde el menú inicio de windows, a mi el programa no se llama flash32, sino flashtool y flashtool64, no sé si te sale lo mismo y lo has escrito así por acortar, pero ejecutando uno de esos 2 el de 32 o el de 64, supongo que te debería ir sin problemas como a todo el mundo.