pero eso donde te sale? prueba a bajarte de nuevo el flashtool de su página original:
http://androxyde.github.com
Busca la descarga de windows y prueba a bajartelo de algún servidor de esos, si te falla uno prueba a bajartelo de otro, pues puede que se descargara mal.
Eso que te sale al abrir el programa flashtool o se te abre y te pone eso en el " log " del programa?
Saludos, eso es rarísimo que te falle java y encima en dos sistemas windows diferentes. Te bajas el java de la página original de oracle? o de algún otro sitio?.
Me extraña que te falle el java en 2 pc diferentes.