Si no estoy equivocado creo que usaste el metodo para rootear para bootloader cerrado, el fallo viene de que ya tienes el bootloader abierto y has metido una custom rom y su correspondiente kernel (el night elf supongo). En este caso no haria falta rootear el terminal con nada porque el propio kernel ya te da esos permisos root con solo instalarlo en el telefono, y aparte lleva tambien integrado el recovery.
Prueba a flashearte de nuevo todo, kernel, ROM, y patch, haciendo los wipes por si acaso y sin hacer nada mas enciende el telefono y mira a ver si llevas el superusuario instalado y si te da permisos sin problemas.
Quizas flasheando solo el kernel te solucionase el problema, pero yo en tu situacion ya lo reflashearia todo y me quitaría de historias.