Una vez que compras el programa lo puedes descargar de nuevo sin problemas y sin pagar aunque cambies de ROM.
Yo he comprado el Advanced Task Manager y el Bluex, que por 1,80€ los dos ni me molesto en buscar alternativa B, y los he reinstalado en cada cambio de ROM sin pagar más.
Al entrar el Market, como tu tarjeta va asociada a la cuenta de Gmail, te verifica la tarjeta y te lo descarga. La aplicación antes de bajarla te aparece como "Comprada".
El desarrollador de Bluex sacó dos versiones más desde que lo compré y no me han cobrado por actualizarlo.