Hola, me interesa tu pregunta... Yo también tengo pensado cambiar mi actual tarjeta de 8GB por una de 16, y me acabas de dejar con el culo partido, por que pensaba hacer el mismo método que tu.
Creo que tu problema puede ser que no tienes puesto el ordenador (imagino que windows) para que te muestre las carpetas ocultas, y solo pasas las que ves. En la tarjeta hay varias carpetas con un punto delante ".android" por ejemplo, que en windows se quedan ocultas. Imagino que ese es tu problema en este caso.