Hola,
Yo tampoco puedo borrar los correos que tengo en la papelera de mi cuenta POP3, y despues de mucho navegar buscando solución al problema, he dado con una página donde informan de los BUGs reconocidos de la HTC Magic 1.5, y entre estos figura el siguiente:
[BUG] Emails not being deleted from POP3 Servers (deleted items are re-downloaded)
Por lo que supongo que para solucionar el problema de borrado de correos en cuentas POP3, sera necesario algun parche de Android.
Por si a alguien le interesa, en la siguiente web figuran los problemas reconocidos en la HTC Magic, y en que estado se encuentra:
http://forum.vodafone.co.uk/index.php?showtopic=26176
Un saludo.