a ver si esto te ayuda... yo tampoco tengo mucha idea y lo que te voy a decir es lo que YO creo que es, y puede no coincidir, si me equivoco, espero que alguno de los grandes de este foro o alguien que sepa más que yo lo aclare.
Un Mod, es una modificación de una parte, por ejemplo, un Mod de Toolbar+Toogles+ Bat te cambiaría la barra de notificaciones con sus iconos y la batería, por lo tanto es una modificación parcial.
Un Theme, modifica el aspecto general del teléfono, dependiendo del tema modifica el marcador, toolbar, el menu, el menu de ajustes, la bandeja de recepción de sms... modifica el aspecto de lo que el creador tenga ganas, por lo general modifican muchas cosas, si es una en particular no lo llaman Theme, le ponen en el grupo anterior.
Y a un Theme si que le puedes poner un Mod, ya que una Rom cocinada por alguien incluye un Theme, o eso creo, y siempre permiten meterle los Mods que quieras.
Con lo de Odexed y Deodexed no te puedo ayudar.