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Backup desde el recovery (yo nunca he utilizado el manager).
Cuando hagas un restore te restaurará el sistema y sus datos y las apps y sus datos (lo que tuvieses en el momento del backup). Las fotos y todo lo demás que tengas en la sd externa no te lo tocará.
El titanium no debería tener ningún problema para restaurar apps (yo lo he hecho en roms ics con apps instaladas en gb y se ha restaurado perfectamente).
No conviene compartir datos de sistema entre diferentes roms si son diferentes kernels, ergo si cambias de kernel se recomienda un full wipe.
Para hacer restore de gb desde ics flasheas el abyss kernel, reinicias recovery y restauras.
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