Me respondo a mi mismo. Probé a cambiar de carpeta el archivo bootanimation de la ruta /system/bin/ , pero el sistema volvía a crear el archivo automáticamente. Luego lo edite para dejarlo en blanco y parece que funciona.
Lo edité con "Es Explorador de archivos" con permisos de root y con /System montado con permiso de escritura. Esto se hace desde la configuración del Explorador, con las pestañas "Explorador root" y "Montar Sistema Archivos" (con permiso de escritura) activadas.
Espero que os sirva.