No hay nada malo con el almacenamiento. Ahora está como siempre debió ser.
la carpeta emmc para montar la sdcard interna
la carpeta sdcard para montar la externa.
Si quieres, en ajustes->almacenamiento->botón menu->configuración -> marcas la casilla->reinicias y se montarán como se hacían antes. (emmc para la externa, sdcard para la interna)
Lo más fácil es reinstalar tus aplicaciones con el nuevo layout, ya que al final será así en todos los kernels, si no al tiempo.
De la misma manera el problema con titanium es del titanium. A mi me funciona perfectamente.
En definitiva, no hay nada que corregir.
La build del día 20 va perfecta, igual que las anteriores. Al menos con el kernel de serie.
Ya han comentado que con algunos custom kernels y estas últimas builds el wifi no funciona .