Realmente esta opción no desactiva la aceleración gráfica para todas las aplicaciones, si no sólo para aquellas que no han indicado que la soportan explícitamente. Cada vez hay más aplicaciones que soportan la aceleración gráfica (p.ej. cuando desarrollas para Android 4.0 viene activada por defecto), y me imagino que dentro de no mucho serán la mayoría. Aunque no lo puedo asegurar, supongo que todas las aplicaciones de Google (incluyendo el launcher de la tablet) de Android 4.0 soportarán esta aceleración, que para algo es su plataforma
En resumen, si desactivas la aceleración gráfica por defecto es posible que algunas aplicaciones "antiguas" no vayan tan fluidas, pero probablemente te evites algún problema de estabilidad, y con el tiempo no será tan importante.
Edito: aquí hay un poco de información del blog de desarrolladores de Android, por si te interesa:
http://android-developers.blogspot.c...nimations.html