Bueno, finalmente "lo he solucionado".
He metido el recovery ION modificado
http://htcmania.com/showthread.php?t=54611 con ayuda de apside (mil gracias) renombrando a recovery.img y adb shell flash_image recovery /sdcard/recovery.img
Y al igual que sucedía antes desde el boot, me deja meter el update sin problemas, no entiendo por qué con el otro no me dejaba.
En fin, espero que a nadie le pase lo que a mí, pero si le pasa que sepa que con cambiar el recovery y usar el ION funciona sin problemas.