Por lo que he leído, aparece cuando tienes un kernel no oficial, con flashear a uno original se quita, asique parece que no repercute demasiado (es más, tengo un amigo con in S2 con el triángulo amarillo y no pasa nada)
Lo del contador de flasheos es algo más espinoso si no actualizas a ICS, en ICS se resetea fácilmente.
