Lo suyo sería usar exFAT. Pensado para dispositivos externos, de serie en las versiones actuales de Windows y Mac OS, ligero y con soporte para ficheros grandes (>4GB), pero no parece que aún esté soportado de forma oficial, ni en ICS. NTFS sobrecarga mucho el sistema de ficheros, y desde mi punto de vista, es matar mosquitos a cañonazos.
Aquí explican como compilar el soporte:
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1371621
pero indudablemente lo más cómodo es que vayan saliendo kernels que lo soporten de forma nativa.
Un saludete.