Conectas el móvil al PC con el cable usb y ejecutas el .exe. Para poner S-ON tienes que seguir un tutorial, el ponerle una ROM Oficial de HTC lo único que te quita es el Root, no el S-ON.
Tutorial quitar S-ON:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=253725
En este tema tienes un enlace a XDA para descargar el archivo necesario para hacerlo. Saludos!