bueno, me imagino que sucede por que el mx player detecta si el video es reproducible por HW (hardware) si no pues lo reproduce en SW (por software) y por software no creo que el 3d se pueda activar, sin que el reproductor tenga la opcion, asi pues tendras que esperar un update del reproductor en 3D o converitir tus videos a mp4...supongo...