Para backups yo sinceramente os recomiendo 'Go Backup'.
Cuando haces wype para instalar nueva rom yo no he conseguido guardar configuraciones, programas y demás pero sí tengo entendido que con TitaniumB Pro es posible hacer una copia de seguridad de todos los programas, configuraciones y demás que tengas en el tlf.
Mira aquí te dejo lo de hacer copias de Seguridad, un artículo más que recomendable:
http://www.elandroidelibre.com/2011/...um-backup.html