Todo eso depende lo que pongan los cocineros en los primeros posts de sus hilos , ante una nueva version si los cambios son minimos puede que solo sea necesario hacer dos wipes como la cache y la dalvik cache , o incluso ningun wipe, en otros casos los cambios son tan importantes que casi es como si metieras otra rom diferente y tienes que hacer todos los wipes incluido el wipe all data factory reset.
Lo que si tienes que hacer todos los wipes es cuando metes roms de diferentes cocineros porque son incompatibles entre si.
Sobre particiones, no tienes que volverlas a hacer si la rom usa la misma particion que ya tenias, si p.ej. la rom que tienes la usas con una particion EXT3 y vas a meter una rom que pide una particion EXT4 tendras que crear de nuevo la particion como EXT4 o convertir la particion de EXT3 a EXT4 , que se puede hacer con el recovery 4EXT , en principio practicamente todas las roms funcionan con EXT4 , por lo tanto podrias meter cualquier rom sin crear cada vez la particion, con la radio lo mismo con meterla una vez es suficiente.
Sobre aplicaciones , tienes aplicaciones para hacer copia de tus aplicaciones y poder restaurarlas sin tener que volverlas a meter de una a una sino seria un horror, el que mas se usa y el mas conocido es el titanium backup, de todas formas todo esto lo ponen en los tutoriales achinchetados de arriba , en el hilo de unrevoked en la guia del primer post donde te hablan de flaseo de ROms y del manejo del titanium , o en la hilo con la guia superbasica de flaseo
