muchas veces hay que hacer wipe/data/forma sino me equivoco todas las veces y se borra la particion ext eso es para evitar errores con datos y modificaciones de la rom instalada antes, te recomiendo que uses Titanium para guardar tus apps preferidas, y datos. (yo las guardo a pelo en una carpeta en la sd XD luego las instalo manualmente soy mas rustico)
Saludos