Como medida un poco bestia, podrias borrar la configuración del superuser en la data, que probablemente es lo que te da problemas.
Hazlo con cuidado
y con adb seria algo asi
Código:
adb devices
adb remount
adb pull /data/data/org.zenthought.android.su ./BACKUP
adb shell rm -r /data/data/org.zenthought.android.su
Como ves hago una copia antes por si las moscas.
A continuación en el telefono abre el superuser y comprueba que no tengas nada. Luego prueba otra vez ha hacer su y te deberia de preguntar si quieres darle permisos.