En una ruta simple, sin espacios en blanco en el nombre, me ha funcionado simplemente editando esta linea (128 en mi caso) para dejarla así:
IF exist "%FILE%" (GOTO EXE)
(quitando la comilla simple que definía la variable %FILE% y poniéndola doble)
Para rutas con espacio en blanco, este sistema directamente no funciona porque se cierra el script
