Gracias por la comprobación Yakandu, ahora que ya sé que no te sale a ti tampoco no me rompo más la cabeza haciendo pruebas. Intentaré ponerme en contacto con el programador de la app a ver si puede solucionarlo en la próxima versión.
Prefiero evitar el autorun a congelar las aplicaciones, cuando las congelo tengo que descongelarlas para poder usarlas y quitandoles el autorun simplemente las ejecuto cuando quiero yo y no cuando quieren ellas

¿estaré haciendo algo mal cuando las congelo o eso es lo normal?

nunca lo había hecho hasta el S
OJO: evitar el autorun no es lo mismo que matarlas con un task killer