Si que funciona a través de las fundas.
Te explico lo que quería probar: Mi idea era poner una pegatina en el iPad para cuando acerque el Nexus se active/desactive el punto de acceso WiFi. La pegatina probé de ponerla por la parte interior de la funda del iPad, es decir sandwich entre el iPad y la funda. La cosa funciona sin problemas con el Nexus con su funda de gel y la funda del iPad suelta, pero una vez la funda esta acoplada al iPad la pegatina NFC es como si no existiese, supongo que debe de ser cosa de la caracasa de aluminio del iPad, porque sin iPad funciona de lujo. Al final me toca llevar la pegatina visible pero cumple su función.
Resumiendo: dos fundas de por medio y funciona correctamente y decir que la funda del iPad es de plástico duro y tiene unos 3 o 4 milimetros de espesor. Pero dependiendo que material esté cerca de la pegatina NFC quizás ésta no funcione correctamente.