A ver.
1) para instalar un kernel solo tienes que poner el comando de Fastboot de instalación. No hace falta borrar el kernel viejo porque el nuevo lo sobreescribe, aunque puedes hacerlo con
fastboot erase boot y luego instalar el nuevo.
2) Las copias de respaldo no guardan el kernel, que siempre debes instalar desde un PC. Si tienes un respaldo hecho, puedes restaurarlo con Clockworkmod, pero asegúrate de que el kernel que has puesto y la copia de respaldo son compatibles. Esto es, no restaures una copia de respaldo de ICS con un kernel para Gingerbread, y viceversa.