Con la versión 2.3.3 que traía mi movil, en Junio del año pasado, tuve algún problema en este sentido (mensajes que llegaban a la vez y tarde al encender la pantalla). Ajustando el tema de que la wifi no se apague nunca, este problema se eliminó pero entonces surgió otro que era que a veces los mensajes no sonaban al llegar, sino que el móvil solo vibraba. Con la 2.3.5 no me ha vuelto a pasar y va todo bien.
Quizás sea tema también de tener bastante memoria libre para los procesos del teléfono. A lo mejor tiene que ver que he pasado bastantes aplicaciones a la microSD, como el propio whatssapp entre otros, usando la aplicación LINK2SD, y por eso ahora me va bien, no sé. Probad los que tenéis problemas a ver.