El backup comprueba si esta corrupto o no antes de aplicarse, vetras que hace un chequeo de md5sum. Si no da error no esta corrupto.
Al ser unlocked S-ON el boot.img se debe flashear via fastboot. Prueba a extraer el boot.img del backup, arrancar el movil en el bootloader enchufado al pc por usb, activar fastboot y flashear boot.img con el.
Creo que era fastboo flash boot boot.img para ello, pero no estoy seguro. Revisa los tutoriales