La cache es como la de un navegador web, almacena informacion redundante para un acceso mas rapido, pero no hay ningun dato critico en el, por lo que ni el build.prop ni ningun otro fichero del sistema se vera afectado por un wipe del cache, asi que da igual cuando hagas la copia esa.
Como al cambiar fichero que en teoria no deberian cambiarse nunca es muy posible que creemos incronguencias con la informacion almacenada en la cache al toquetear /system, por lo que lo mejor es que cada cambio tocho que hagais, wipe de cache y dalvik cache. Si, se que tarda mucho mas, pero es mucho menos probable que haya problemas ;)
