Yo tenia el root en la 4.02 y anoche actualice a 4.0.4 por OTA pero antes descargué una app del market llamada OTA rootkeeper (es gratis) que te hace un backup del root para restaurarlo posteriormente y funcionó.
Pero creo que solo sirve si antes de actualizar haces el backup...
Sinó, como dicen los compañeros, con la 5.6 del toolkit ya se puede rootear la 4.0.4