Como flashear el .ftf y el root esta explicado AQUI
NO HACE FALTA SER ROOT NI TENER EL BOOTLOADER DESBLOQUEADO PARA FLASHEAR FIRMWARES CON FLASHTOOL!
Siempre es recomendable marcar la casilla WipeData, ¿Porque? Pues porque asi nos ahorramos incompatibilidades o redundancias en el sistema con datos antiguos. En cambio la casilla de Check no hace falta, si algo sale mal se reflashea y ya está.
Bueno, aquí mi granito de arena de momento, se ira completando con el tiempo y vuestras aportaciones:
RECOMENDADO (Android 4.1.2 Limpisimo)
[FIRMWARE][6.2.B.1.96] WORLD el unico generico mundial sin apps extra
http://dfiles.eu/files/irynq72v1
Firmwares:
JB
ICS
GB
Operator Firmwares