La misma, la unica diferencia es al arrancar por primera vez. La odex ya tiene los archivos .odex con lo que no los tiene que crear y la deodex los crea en el primer arraque (este tarda mas en arrancar la primera vez) una vez echos van igual.
Lo mas gordo es que la odex no se pueden tematizar las app y la deodex se hace esto precisamente para poder instalar temas o poder tematizar la ROM y sus app antes de crear el zip.