Aqui no sabria decirte bien, yo no he cambiado de cm9. Yo solamente especule como cuando haces cambio de cm7 a MIUI o visceversa. En este caso menciono cm9 a cm7 usando un backup , por que en el se guarda toda la informacion que tenias, incluyendo la version del CWM. Si tu flasheas el zip de MIUI, no te aseguro ya que no se si este cuenta con la informacion total del CWM y que este se instale.
Aunque probando no pierdes nada, solamente recuerda siempre hacer un backup, ya que si pasa algo por algun descuido o por alguna prueba hecha, podras regresar como estabas.
De recien que salio la primera de quarx con el kernel gingerbread 20111207, yo regrese a la rom que tenia (en ese tiempo tenia la 2.3.4 el cual es el mismo kernel), solamente instalando mi backup.