EL manual esta hecho para empezar desde cero, pero si quieres puedes machacar el que tienes.
Yo te recomiendo que hagas el unsupercharger borras la carpeta V6 supercharge. Luego wipes cache y dalvik. Pegas el archivo en la raiz de la tarjeta y a empezar la instalcion.
Lo nuevo que estoy probando son widgets, para hacer superclean sin tener que ir al recovery.