si, flasheando por odin te lo quita, te deja el de fabrica.....
si tienes un backup y alguna vez quieres recuperar a como lo tenias antes, solo instalas de nuevo el clockworkmod recovery y le instalas tu backup desde recovery
pero respondiendo a tu pregunta si, lo quita y te deja el de fabrica, te lo digo por experiencia, jijiji, lo ha hecho muchas veces y siempre me ha puesto el de fabrica, flasheando por odin, en kies no se
suerte