Sin tener el teléfono (y sin saber mucho del tema) no puedo hacer más que suposiciones pero:
- creo que si copias la carpeta "TitaniumBackup" del directorio raiz de tu SD de tu teléfono actual al almacenamiento interno del S podrás restaurar las aplicaciones.
- Los mensajes del WhatsApp siempre me aparecen cuando cambio de ROM y formateo la SD. Creo que hacen un backup online cada cierto tiempo, pero para asegurarte, abre el WhatsApp y pulsa Menú->Más->Copia del historial del chat. Creo que así no te hace falta hacer nada más que instalar el WhastApp en el nuevo teléfono para tener todos tus mensajes de nuevo.