No claro, no te va a avisar, el clockwork no es tan listo
Eso vas a ser tú el que va a tener que estar atento en la descripción de la nueva ROM que instales para saber si las lleva instaladas o no. O si en un futuro sale una nueva actualización de las librerías.
Por ejemplo arriba os comento que salió una ROM (la Swedish Snow 2.3.5 RLS6) que las trae ya incorporadas, si echas un vistazo al post del cocinero verás que en la descripción lo especifica.
Saludos.