No se lo que quieres decir... que programa utilizas para mover las aplicaciones a la SD?
Las aplicaciones se te mueven a la particion que tengas hecha, y dicha particion no la puedes ver en windows, en linux si se ven.
Conclusion: haz un backup de las aplicaciones con el titanium backup y luego al cambiar la tatjeta lo restauras.
Saludos!
Enviado desde mi X8 usando Tapatalk