La verdad que no se que decirte,por que yo he instalado muchas rom,antes en mi htc wildfire y ahora en mi nexus one y nunca me ha pasado nada parecido,la rom no te toca el que seas root,a que te refieres(que no te aprece el icono de superuser en la lista de apps),por que root seguro que eres sino no hubieras podido instalar la rom.Prueba a hacer lo que he hecho yo,como dije mas arriba,una instalacion limpia,con formateo de sd y todo.
Saludos