Yo trabajo con linux 100% y con wine no funciona debido a los drivers. Lo unico que medianamente me a funcionado es con maquina virtual(yo uso virtualbox ) pero bueno uso heimdall que va perfecto.
Yo he probado la command-line aun que la version con ui creo q es muy simple
heimdall flash y te saldra todos los comandos. Pero por ejemplo para un kernel
heimdall flash --normal-boot normalboot.img
Para s.o completos.
heimdall flash --normal-boot normalboot.img --cache cache.rfs --modem modem.bin --primary-boot boot.bin --system system.rfs (y supongo que me dejare algo pero descomprimes un firm y veras los archivos que hay y en ayuda los veras)
un saludo
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