Me auto respondo:
Siguiendo este manual:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=349444&page=3
He actualizado del CF-root viejo (5.3) al nuevo (5.4) sin nigun problema, lo he realizado mediante Mobile Odin.
Y acabo de comprobar que puedo pasar las aplicaciones a la Sd sin problemas.
Así que no hace falta volver a realizar todo el proceso de nuevo.
Saludos.