Complicado no debe ser... no lo he hecho nunca, pero supongo que debe bastar con mover el APK actualizado a la partición /system/app, y poco más...
De todas formas, para eso está la partición en la SD, para llenarla
es verdad que es más lento pero al fin y al cabo si la usas no escapas de tener que cargar casi todo de ella y con eso ralentizas el resto de procesos, estén en la memoria que estén.
Además de ser incómodo tener que ir moviendo cosas en cada actualización... y no digamos si la integras en una ROM y flashear de nuevo.
Por cierto, este es el icono nuevo de batería que he puesto:
