Siguiendo el tutorial de MrXelash o el de las Mod de Klurosu (por ejemplo) no suele haber problemas en que salgan los botones de la barra de notificación, y creo que es menos follón que lo que pones
El problema es que, por lo que he leído, mayoría no hace todos los wipes y formats (incluyendo el de la SD) por lo que siempre se queda algún "rastro" de la Rom anterior que puede provocar fallos tales como el de los botones.
De todas formas siempre esta bien saber métodos que, aunque menos ortodoxos, han servido para el mismo fin.
Un saludo