Como bien dices el BOOT se borra y se copia al final... Borra system y la copia los nuevos archivos, con lo cual se perderia lo de los comandos chmod y demas dentro de la carpeta bin...
Al recovery no veo ninguna alusion mas que esta ahi el recovery.img
De todos modos y echando un vistazo rapido, es casi seguro que pierdes el ROOT al actualizar...
Si puedes/quieres/tienes tiempo seria muy bueno lo de la modificacion para dejarlo rooteado, mucha gente que queria actualizarse a la 43 con root lo agradeceria seguro...
Saludos...