Ten paciencia... sigue las indicaciones de la pantalla e inténtalo varias veces (no siempre sale a la 1ª).
Cuando elijas la opción 2 (para hacer root), la versión de tu Nexus y pulses "yes", sigue las indicaciones de pantalla y no toques ninguna tecla del PC hasta que el Nexus se reinicie y se bloquee la pantalla.