El problema es que yo actualice primero, y luego meti el rootme-signed.zip, con lo cual te vuelve a bajar de version... Como tu dices, en algun certificado o algo guardara que ya has sido actualizado aunque de verdad has downgradeado, porque la actualizacion no vuelve a saltar...
Ha habido gente que hizo el root antes y le actualizo sin problemas...